Sơ đồ đơn giản về cơ cấu chỉ huy của Hải quân Hoa Kỳ

Hải quân Hoa Kỳ trực thuộc dưới quyền quản lý của Bộ Hải quân Hoa Kỳ do Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ là một người trong giới dân sự lãnh đạo. Sĩ quan cao cấp nhất của Hải quân Hoa Kỳ là tư lệnh hải quân, một vị đô đốc bốn sao và là thuộc cấp của Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ. Cùng lúc đó, Tư lệnh Hải quân Hoa Kỳ là một trong số các tham mưu trưởng trong Bộ Tổng tham mưu Liên quân Hoa Kỳ và bộ tổng tham mưu này là bộ phận cao cấp thứ nhì của Quân đội Hoa Kỳ sau Hội đồng An ninh Quốc gia Hoa Kỳ mặc dù nó chỉ đóng vai trò làm cố vấn cho Tổng thống Hoa Kỳ và không nằm trong chuỗi thứ tự chỉ huy quân sự. Bộ trưởng và Tư lệnh Hải quân có trách nhiệm tổ chức, tuyển mộ, huấn luyện, và trang bị cho lực lượng hải quân sẵn sàng tác chiến dưới quyền tư lệnh của các tư lệnh thuộc các Bộ tư lệnh Tác chiến Thống nhất (tư lệnh chung cho cả hải lục không quân).

Lực lượng tác chiến

Lực lượng tác chiến của Hải quân Hoa Kỳ có 9 thành phần: Bộ tư lệnh Các lực lượng Hạm đội Hoa Kỳ (United States Fleet Forces Command), Hạm đội Thái Bình Dương Hoa Kỳ, Bộ tư lệnh Các lực lượng Hải quân Hoa Kỳ đặc trách miền Trung (United States Naval Forces Central Command), Các lực lượng Hải quân Hoa Kỳ đặc trách châu Âu (United States Naval Forces Europe), Bộ tư lệnh Chiến tranh Thông tin Hải quân (Naval Network Warfare Command), Hải quân Trừ bị Hoa Kỳ (United States Navy Reserve), Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân (Naval Special Warfare Command), Lực lượng Thử nghiệm và Giám định Vận hành (Operational Test and Evaluation Force), và Bộ tư lệnh Hải vận Quân sự (Military Sealift Command). Các hạm đội trong Hải quân Hoa Kỳ đóng vai trò là bộ phận cung ứng lực lượng; chúng không tiến hành các chiến dịch quân sự một cách độc lập mà đúng hơn là huấn luyện và duy trì các đơn vị hải quân để sau đó cung cấp thành phần lực lượng hải quân cho mỗi Bộ tư lệnh Tác chiến Thống nhất. Tuy không công bố rộng rãi nhưng các nhóm chiến hạm rời bến tại Hoa Kỳ đi nhận nhiệm vụ tác chiến đều được xếp vào loại lực lượng đặc nhiệm khi được đặc phái đến Đệ nhị Hạm đội hay Đệ tam Hạm đội. Nếu như được đặc phái đến vùng trách nhiệm của một hạm đội mang số nào khác hơn hai hạm đội kể trên thì chúng được gọi là liên đoàn đặc nhiệm của hạm đội đó. Thí dụ, một liên đoàn đặc nhiệm hàng không mẫu hạm rời bờ biển phía đông Hoa Kỳ để đi đến Địa Trung Hải có thể khởi hành với tên gọi Liên đoàn Đặc nhiệm 20.1; khi đến Địa Trung Hải có thể trở thành Liên đoàn Đặc nhiệm 60.1.

Hải quân Hoa Kỳ có 6 hạm đội hiện dịch mang số — Hạm đội 2, Hạm đội 3, Hạm đội 5, Hạm đội 6, và Hạm đội 7, mỗi hạm đội có một vị chỉ huy là phó đô đốc 3 sao. Riêng Hạm đội 4 do một chuẩn đô đốc chỉ huy. Sáu hạm đội này được chia thành các nhóm nhỏ hơn nằm dưới quyền của Bộ tư lệnh Các lực lượng Hạm đội (trước kia gọi là Hạm đội Đại Tây Dương), Hạm đội Thái Bình Dương, Các lực lượng Hải quân châu Âu, và Bộ tư lệnh Các lực lượng Hải quân miền Trung; ba bộ tư lệnh đầu tiên do các đô đốc bốn sao chỉ huy. Hạm đội 1 tồn tại sauChiến tranh thế giới thứ hai từ năm 1947, nhưng sau đó được đổi tên thành Hạm đội 3 vào đầu năm 1973.[22] Đầu năm 2008, Hải quân Hoa Kỳ đã tái lập Hạm đội 4 để nhận trách nhiệm trong vùng nằm dưới quyền chỉ huy của Bộ tư lệnh miền Nam là vùng bên trong và xung quanh Trung Mỹ và Nam Mỹ.[23]

Cơ sở và căn cứ trên bờ

Hàng không mẫu hạm USS Enterprise đang neo ở căn cứ Hải quân Hoa Kỳ tại Subic, Philippines năm 1993.

Các bộ tư lệnh đặt trách trên bờ tồn tại để hỗ trợ sứ mệnh của các hạm đội đi biển qua việc sử dụng các cơ sở vật chất trên bờ. Các cơ sở vật chất trên bờ rất là cần thiết cho các hoạt động liên tục và sẵn sàng của các lực lượng hải quân qua việc cung cấp nhiều dịch vụ như sửa chữa tàu, tiếp vận,... Nhiều bộ tư lệnh khác nhau hiện diện đã phản ánh được mức độ phức tạp của Hải quân Hoa Kỳ ngày nay gồm có các hoạt động tình báo hải quân đến viện huấn luyện nhân sự đến việc bảo trì các cơ sở vật chất. Hai bộ tư lệnh trông coi về việc sửa chữa và tiếp vận là Bộ tư lệnh đặc trách Hệ thống Hải lực Hải quân (Naval Sea Systems Command) và Bộ tư lệnh đặc trách Hệ thống Không lực Hải quân (Naval Air Systems Command). Các bộ tư lệnh khác như Cục Tình báo Hải quân (Office of Naval Intelligence), Cơ quan Quan sát Hải quân Hoa Kỳ (United States Naval Observatory), và Đại học Chiến tranh Hải quân (Naval War College) tập trung vào chiến lược và tình báo. Các bộ tư lệnh đào tạo gồm có Trung tâm Chiến tranh Không lực và Tấn công Hải quân (Naval Strike and Air Warfare Center) và Học viện Hải quân Hoa Kỳ.

Hải quân duy trì một số bộ tư lệnh các lực lượng hải quân để điều hành các cơ sở vật chất trên bờ và phục vụ như các đơn vị liên lạc với các lực lượng trên bộ địa phương thuộc không quân và lục quân. Các bộ tư lệnh này nằm dưới quyền của các tư lệnh hạm đội. Trong thời chiến tranh, tất cả các lực lượng hải quân được tăng cường để trở thành các lực lượng đặc nhiệm của một hạm đội chính. Một số bộ tư lệnh lực lượng hải quân lớn hơn tại Thái Bình Dương gồm có Các lực lượng Hải quân tại Triều Tiên (Commander Naval Forces Korea), Các lực lượng Hải quân tại Marianas (Commander Naval Forces Marianas), và Các lực lượng Hải quân tại Nhật Bản (Commander Naval Forces Japan).

Bộ tư lệnh hải vận quân sự

Bộ tư lệnh Hải vận Quân sự (Military Sealift Command) không chỉ phục vụ Hải quân Hoa Kỳ mà còn phục vụ toàn thể Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ trong vai trò là cơ quan vận tải quân dụng đường biển. Cơ quan này vận chuyển trang bị, xăng dầu, đạn dược, và các vật liệu hàng hóa khác cho Quân đội Hoa Kỳ trên toàn thế giới. Trên 95% đồ tiếp liệu cần thiết cho Quân đội Hoa Kỳ được Bộ tư lệnh Hải vận Quân sự vận chuyển.[24] Cơ quan này có khoảng 120 tàu vận tải và khoảng 100 chiếc trừ bị. Bộ tư lệnh này là độc nhất vô nhị vì nhân lực trên các tàu của nó không phải là các quân nhân Hải quân hiện dịch mà là các nhân viên dân sự hay các thủy thủ thương mại hợp đồng.

Bộ tư lệnh chiến tranh đặc biệt hải quân

Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân Hoa Kỳ (U.S. Naval Special Warfare Command) được thành lập vào ngày 16 tháng 4 năm 1987 tại Căn cứ Đổ bộ Hải quân Coronado ở San Diego, California. Nó hoạt động như một thành phần hải quân của Bộ tư lệnh Hành quân Đặc biệt Hoa Kỳ (United States Special Operations Command) có tổng hành dinh ở Tampa, Florida. Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân cung cấp tầm nhìn, sự lãnh đạo, hướng dẫn học thuyết, nguồn lực và tổng quan để bảo đảm cho thành phần hải quân của các lực lượng hành quân đặc biệt sẵn sàng chiến đấu, đáp ứng nhu cầu tác chiến của các tư lệnh tác chiến. Bộ tư lệnh Chiến tranh Đặc biệt Hải quân Hoa Kỳ có tổng quân số 5.400 người trong đó có 2.450 binh sĩ SEAL và 600 binh sĩ thuộc lực lượng Special Warfare Combatant-craft Crewmen. Bộ tư lệnh này cũng duy trì một lực lượng trừ bị khoảng 1.200 binh sĩ trong đó có 325 binh sĩ SEAL, 125 binh sĩ "Special Warfare Combatant-craft Crewmen" và 775 nhân sự hỗ trợ.[25]

Mối quan hệ với các quân chủng khác

Với Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ

Một phi cơ F/A-18 của Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ thuộc Phi đoàn Cường kích Thủy quân Lục chiến 451 (VMFA-451) chuẩn bị cất cánh từ hàng không mẫu hạm USS Coral Sea (CV-43) năm 1989

Năm 1834, Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ được thành lập và nằm dưới quyền của Bộ Hải quân Hoa Kỳ.[26] Trong lịch sử, Hải quân Hoa Kỳ có mối quan hệ độc nhất với Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ, một phần vì cả hai đều chuyên môn về các hoạt động trên biển. Ở cấp bậc cao nhất trong tổ chức dân sự thì Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ là thành phần của Bộ Hải quân Hoa Kỳ và trực tiếp báo cáo với Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ. Tuy nhiên thủy quân lục chiến được xem là một quân chủng riêng biệt và không phải là một bộ phận nhỏ của Hải quân Hoa Kỳ. Sĩ quan cao cấp nhất của Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ là Tư lệnh Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ sẽ không báo cáo trực tiếp với một sĩ quan nào của Hải quân Hoa Kỳ. Những người nhận huân chương vinh dự của Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ sẽ nhận được huân chương biến cách từ huân chương của Hải quân và các binh sĩ thủy quân lục chiến có quyền nhận cả huân chương Navy Cross. Học viện Hải quân Hoa Kỳ đào tạo các sĩ quan thủy quân lục chiến trong khi đó các sĩ quan hải quân tương lai phải tập huấn với các huấn luyện viên cấp hạ sĩ quan của thủy quân lục chiến tại Trường Tân binh Sĩ quan (Officer Candidate School). Không lực hải quân gồm có cả phi công, nhân viên hàng không, nhân viên phi hành của hải quân và thủy quân lục chiến.

Mối quan hệ này cũng mở rộng tại chiến trường. Với vai trò là lực lượng chuyên xung kích đổ bộ, Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ thường khai triển trên các tàu của Hải quân Hoa Kỳ và tấn công từ đó. Trong lúc được tàu hải quân vận chuyển thì họ phải tuân theo mệnh lệnh của các thuyền trưởng. Các phi đoàn không lực thủy quân lục chiến tập huấn và tác chiến bên cạnh các phi đoàn không lực hải quân. Họ cùng bay thực hiện các sứ mệnh tương tự và thường bay các phi vụ chung với nhau. Các loại phi đoàn không lực khác của hải quân hoạt động từ các con tàu tấn công đổ bộ sẽ hỗ trợ các chiến dịch đổ bộ của thủy quân lục chiến. Các phi đoàn của cả hải quân và thủy quân lục chiến sử dụng các phương thức tác chiến giống nhau. Thủy quân lục chiến không đào tạo tuyên uý, quân y hay bác sĩ; vì thế các sĩ quan và binh sĩ hải quân nhận các trách nhiệm bỏ trống này.

Với Tuần duyên Hoa Kỳ

Mặc dù Đạo luật Posse Comitatus, ngăn cấm quân nhân liên bang hoạt động trong lĩnh vực trông coi thi hành pháp luật, chỉ áp dụng đối với không quân và lục quân nhưng luật lệ của Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ yêu cầu rằng thủy quân lục chiến và hải quân phải hành động giống như là Đạo luật Posse Comitatus cũng áp dụng đối với họ. Tuần duyên Hoa Kỳ lấp vào chỗ trống này với vai trò trông coi thi hành pháp luật trên biển. Tuần duyên Hoa Kỳ gởi các phân đội thi hành pháp luật làm việc trên các tàu hải quân trong các sứ mệnh dùng tàu hải quân để chặn bắt buôn lậu, nhập cư trái phép hay các hoạt động bất hợp pháp trên biển. Vào thời chiến hoặc khi được lệnh của Tổng thống Hoa Kỳ thì Tuần duyên Hoa Kỳ phục vụ như một bộ phận của hải quân và chịu sự chỉ huy trực tiếp từ Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ cho đến khi được thuyên chuyển trở lại cho Bộ Nội an Hoa Kỳ.[27] Những lúc khác thì các đơn vị an ninh cảng của Tuần duyên Hoa Kỳ được phái ra hải ngoại để giữ an ninh các quân cảng và cơ sở của Hoa Kỳ ở hải ngoại. Tuần duyên Hoa Kỳ cũng tham dự chung về nhân sự trong các hải đoàn và liên đoàn chiến tranh duyên hải của hải quân nhằm mục đích trông coi nỗ lực phòng vệ các khu vực gần bờ và vùng nước cạn ở hải ngoại.